东莞在三旧改造过程中，对集体建设用地使用权的收回和地上建筑物及附着物的拆迁补偿有着明确的规定。当集体经济组织自行完成相关工作并申请转为国有建设用地后，政府会根据土地出让的价格比例计算收储补偿费用。

政府还提出了一种“基础补偿+增值共享”的计算方式。其中，“基础补偿”依据公告的收储补偿标准进行计算，“增值共享”部分则根据土地出让的纯收益不高于60%的比例进行计算。

对于政府收购储备的国有建设用地，特别是用于经营性用途的出让时，政府同样采用“基础补偿+增值共享”的方式计算支付给原土地使用权人的收储补偿费用。其中，“基础补偿”的计算依据为《东莞市土地储备管理实施办法》的相关规定，“增值共享”则按土地出让纯收益不高于60%的比例计算。

无论是集体建设用地还是国有建设用地的收储，上述两种费用合计都不能超过一定限值。具体来说，用地位置在欠发达镇时，出让宗地规划容积率小于或等于2.5的情况下，两项费用合计不得超过土地出让成交价款的50%；若规划容积率大于2.5，则不得超过容积率2.5以下部分的50%。

若用地位于非欠发达镇，出让宗地规划容积率小于或等于2.0的情况下，两项费用合计不得超过土地出让成交价款的50%；若规划容积率大于2.0，则不得超过容积率2.0以下部分的50%。

在政府收储集体建设用地或国有建设用地的情形下，政府可以选择货币、物业或两者相结合的方式对集体经济组织或国有建设用地使用权人进行补偿。涉及到物业补偿时，物业价值按照建筑成本确定，货币补偿金额与物业价值之和不得超过按相关规定计算的货币补偿金额。建筑成本由镇政府（街道办事处）参考东莞市建设工程造价管理站最新发布的建设工程造价信息来确定。若集体经济组织或国有建设用地使用权人需要交付部分物业回购款，则在计算补偿总额时应予以扣除。